ścieżka do katalogu z szablonem jest zapisana na stałe w skrypcie WebAppCommand. Wynika z tego, że możesz stworzyć swój szablon i wpakować go do katalogu framework\cli\views\webapp.
Alternatywnie, możesz utworzyć swoją klasę dziedziczącą po WebAppCommand i w niej na nowo zaimplementować funkcję getSourceDir() tak, żeby kopiowane były pliki z innego katalogu.