Giix jest dobrym rozwiązaniem, jeżeli potrzebujesz złożone klucze główne. Skoro pytasz o co chodzi, to zakładam, że nie dodałeś ich celowo .
Otwórz swój model w mysql workbench, kliknij dwa razy w tabele o którą chodzi, w zakładce indexes znajdź wpis PRIMARY i upewnij się, że po prawej stronie jest zaznaczona tylko jedna kolumna - zazwyczaj id. Zsynchronizuj model z bazą danych i odpal gii raz jeszcze.
edit:
Oczywiście to przy założeniu, że korzystasz z mysql workbench (widziałem w innym wątku). W innym przypadku musisz sobie wyszukać drogę do edycji indeksów.
Powinno wszystko działać. W szczególnych przypadkach wyszukiwanie będzie wolniejsze. Ale najgorsze co może być to przedwczesna optymalizacja, więc nie przejmuj się tym teraz.