Direi che non c’è una risposta esatta. Però posso farti le mie considerazioni. Se il portfolio è una pagina semplice, la considererei come una “pagina” del “sito” e dunque potremmo metterla dentro site/page/portfolio.php. Più o meno ho cercato di risponderti anche alla seconda domanda.
La verità è che dipende solo da te. Io, in genere, tendo a cercare di allocare i file nella posizione più semantica possibile. Per esempio
Se intendo la pagina about come la pagina "chi siamo" del "sito" allora la posizione dentro site/pages.
Se intendo la pagina about come la sezione "chi siamo" del "sito" creo una view direttamente dentro site.
Mettiti nei panni di un tuo potenziale collega. Immagina cosa gli diresti per fargli capire esattamente dove si trova una view. Queste sono e rimangono mie considerazioni personali. In generale cerco sempre di mettermi nei panni di un "esterno" e capire se la disposizione dei files mi aggrada.
Io personalmente, apprezzo la semplicità e l’ordine: non uso sottocartelle come fa yii normalmente con la pagina. /wiew/<nomeController>/<nomeView>.php e basta.
le pagine sotto pages sono statiche, cioè non hanno contenuti provenienti da model (vedi SiteController -> actions), quindi se la tua è dinamica mettila in views/portfolio